Desa Jayapura pada mulanya dikenal dengan sebutan Talang Lingot antara tahun ( 1965 – 1977 ), kemudian ditetapkan kembali dengan nama Dusun Jayapura antara tahun ( 1977 – 1984 ) dan sejak tahun 1984 nama Dusun Jayapura telah secara resmi berganti nama menjadi Desa Jayapura hingga saat ini.